Điều gọi là 'cách mạng xã hội' sau tuyên ngôn độc lập là những thách thức đối với trật tự xã hội tại Indonesia do người Hà Lan thiết lập, và trên một mức độ nhất định là kết quả của sự phẫn uất chống lại các chính sách mà người Nhật áp đặt. Trên toàn quốc, nhân dân nổi dậy chống lại giai cấp quý tộc truyền thống và thôn trưởng, và cố gắng phát huy quyền sử hữu đại chúng đối với ruộng đất và các tài nguyên khác.[39] Đa số các cuộc cách mạng xã hội nhanh chóng kết thúc; trong hầu hết trường hợp các thách thức đối với trật tự xã hội bị đàn áp.[40]

Một văn hóa bạo lực bắt nguồn từ những mẫu thuẫn sâu sắc vốn chia rẽ vùng nông thôn trong cuộc cách mạng, và sau đó liên tục bùng nổ trong suốt nửa cuối của thế kỷ 20.[40] Thuật ngữ 'cách mạng xã hội' được sử dụng cho một loại các hành động thường là bạo lực của phái tả, bao gồm cả các nỗ lực vị tha nhằm tổ chức một cách mạng thực sự và đơn giản là hành động trả thù, oán hận và khẳng định quyền lực. Bạo lực là một trong số nhiều bài học được dạy trong thời gian Nhật Bản chiếm đóng, và các nhân vật bị xác định là 'phong kiến', gồm các quốc vương, nhiếp chính, hoặc chỉ là phú hộ, thường bị tấn công, đôi khi bị chặt đầu, và hãm hiếp trở thành một vũ khí chống lại nữ giới 'phong kiến'.[39] Tại các vương quốc duyên hải trên đảo Sumatra và Kalimantan, các quốc vương và những người có quyền lực khác vốn được người Hà Lan chống đỡ đã bị tấn công ngay sau khi nhà chức trách người Nhật rời đi. Các lãnh chúa địa phương thế tục tại Aceh vốn là nền tảng cho sự cai trị của Hà Lan thì nay bị hành quyết, song hầu hết các vương quốc tại Indonesia đều rơi lại vào tay người Hà Lan.

Hầu hết người Indonesia sống trong lo sợ và bất ổn, đặc biệt là có một phần đáng kể dân cư ủng hộ Hà Lan hoặc vẫn sống dưới sự kiểm soát của Hà Lan. Lời kêu gọi cách mạng 'Tự do hay là chết' thường được lực lượng Cộng hòa hiểu là giết chóc. Các thương nhân thường ở trong tình trạng đặc biệt khó khăn, một mặt họ bị lực lượng Cộng hòa ép phải tẩy chay triệt để việc bán hàng hóa cho người Hà Lan; mặt khác cảnh sát Hà Lan có thể tàn nhẫn trong nỗ lực nhằm đàn áp những người buôn lậu mà vốn là chỗ dựa kinh tế của lực lượng Cộng hòa. Trong một số khu vực, thuật ngữ kedaulatan rakyat ('thi hành chủ quyền của nhân dân') vốn đề cập đến trong phần mở đầu của Hiến pháp và được pemuda sử dụng nhằm yêu cầu các chính sách chủ động tích cực từ lãnh đạo của họ, được sử dụng không chỉ để trưng dụng hàng hóa, mà còn để biện minh cho tống tiền và trộm cướp. Đặc biệt, các thương nhân người Hoa thường bị buộc phải giữ hàng hóa của họ ở mức giá rẻ giả tạo do bị dọa giết.[39][41]

Ngày 18 tháng 9 năm 1948, các thành viên của Đảng Cộng sản Indonesia (PKI) và Đảng Xã hội Indonesia (PSI) tuyên bố một 'Cộng hòa Xô viết Indonesia' tại Madiun ở phía đông của Yogyakarta. Họ đánh giá đây là thời điểm thích hợp cho một cuộc nổi dậy vô sản, họ dự tính biến nước Cộng hòa Xô viết thành một trung tâm tập hợp để khởi nghĩa chống "Sukarno-Hatta, bọn nô lệ của người Nhật và Mỹ".[13] Tuy nhiên, Madiun bị quân Cộng hòa giành lại trong một vài tuần và thủ lĩnh nổi dậy là Musso thì bị giết. Thống đốc Đông Java là Suryo, một vài sĩ quan cảnh sát và lãnh đạo tôn giáo bị phiến quân sát hại. Sự kiện này kết thúc một hành động ảnh hưởng xấu đến cuộc cách mạng,[13] và thay đổi sự đồng cảm mơ hồ của Hoa Kỳ dựa trên tinh thần chống thực dân sang ủng hộ về ngoại giao. Trên phương diện quốc tế, nước Cộng hòa nay được nhìn nhận là chống cộng đáng tin cậy và là một đồng minh tiềm năng trong Chiến tranh Lạnh đang nổi lên giữa 'thế giới tự do' do Hoa Kỳ lãnh đạo và phe do Liên Xô lãnh đạo.[42]

Các thành viên của Quân đội Cộng hòa xuất thân từ tổ chức Hizbullah Indonesia cảm thấy bị chính phủ Indonesia phản bội. Trong tháng 5 năm 1948, họ tuyên bố một chính thể ly khai mang tên Negara Islam Indonesia (Quốc gia Hồi giáo Indonesia). Chính thể do một nhà thần bí Hồi giáo là Sekarmadji Maridjan Kartosuwirjo lãnh đạo, Darul Islam tìm cách kiến lập Indonesia theo chế độ thần quyền Hồi giáo. Đương thời, Chính phủ Cộng hòa không phản ứng do họ tập trung vào mối đe dọa từ người Hà Lan. Một số lãnh đạo của Đảng Masjumi đồng cảm với cuộc nổi loạn. Sau khi Cộng hòa Indonesia giành lại toàn bộ lãnh thổ trong năm 1950, chính phủ xác định Darul Islam là mối đe dọa nghiêm trọng, đặc biệt là sau khi một số tỉnh tuyên bố gia nhập Darul Islam. Cuộc nổi dậy này bị dập tắt vào năm 1962.